一、关于程序：
FUN：计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比，输出最大值及其id
INPUT：FASTA格式文件
>seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGACCGACTTCCA GCATCTGCGAGCCGCCTGTTGATTGCATCCGCCGGGGACGCAACAAGGCAAGGCCCTAAC
OUTPUT：最高含量的序列id及其含量（这是上面的结果）
二、编程思想及代码
当是注释行时（>……），获得序列 ID ,并跳过该次循环；当读到非注释行即序列行时，记录该行“G和C的含量”以及“序列的总含量”，这都可以利用perl上下文实现。（但是在这里有一些疑惑——当把14行@num换成$num会出现计算错误，知道的朋友欢迎留言）
1 use strict;
2 my %GC_content; # id=>GC_content
3 my %sequences; # id=>sequence
4 my ($id, $sum); # id, 每个序列的字符个数
5 my @num; # 中间变量，用于存储单行中某字符的含量
6 while(my $seq = <>){
7 chomp($seq);
8 if($seq =~ m/^>(.*)/){
9 $id = $1;
10 next;
11 }
12 @num = ($seq =~ m/(G|C)/g);
13 $GC_content{$id} += @num;
14 @num = ($seq =~ m/(.)/g);
15 $sequences{$id} += @num;
16 }
17
18 foreach(keys(%GC_content)){
19 $GC_content{$_} /= $sequences{$_};
20 }
21 my @sort = sort{$GC_content{$b} <=> $GC_content{$a}} keys(%GC_content);
22 printf("%s\n%.6f%\n", $sort[0], $GC_content{$sort[0]}*100);三、技巧
神奇的perl，神奇的sort！！
对数组（或者哈希）排序获得下标的方式：
# 数字排序：
my @arr = qw(2 3 41 2 34 );
my @result1 = sort{$a <=> $b} @arr;
# 获得下标：
my @result2 = sort{$arr[$a] <=> $arr[$b]} 0..$#arr;
# 获得key：
my %hash = (
one =>1,
two =>5,
tree=>9
);
my @result3 = sort{$hash{$a} <=> $hash{$b}} keys(%hash);
print "数字排序：@result1\n获得下标：@result2\n获得key：@result3\n";